اعتبر الائتلاف الوطني السوري اعتداء تنظيم دولة العراق والشام على كنيسة سيدة البشارة في الرقة، “واتخاذ الكنيسة مقراً عسكرياً لمقاتليه بما ينافي قواعد الأخلاق وحقوق المواطنة الأصيلة وينتهك حق الإنسان في ممارسة شعائره الدينية”. من أشكال اللامبالاة بمقدسات الشعوب وإرثها الديني والحضاري. وكرر الائتلاف الوطني تأكيده على “أن التنظيم خارج عن مبادئ الثورة السورية ولا يمثل تطلعات الشعب السوري ولا يحترم مبادئ ثورته السامية”. وأشار الائتلاف إلى أن استيلاء تنظيم دولة العراق والشام على الكنائس وتحويلها إلى مقار عسكرية، فعل لا يختلف في حقيقته عن منهج النظام بالاستيلاء على المساجد التي شكلت نواة انطلاقة الثورة السورية كما أفاد ناشطون. هذا ما يؤكد ما قاله رئيس الائتلاف الوطني السوري في كلمة ألقاها أمام أصدقاء الشعب السوري في الأمم المتحدة بأن ظاهرة التطرف بعيدة عن خصائص الشعب السوري مشيرا إلى أن “بعض المجموعات المتطرفة نشأت بدعم وتخطيط من نظام بشار الأسد الذي أشرف على صناعة العديد منها وسلحها وجعلها تقوم بمهامه في المناطق التي خرج منها”. وقد أكد الائتلاف الوطني في نهاية بيانه التزامه الكامل “أمام الله والشعب بحماية حقوق جميع السوريين على اختلاف انتماءاتهم الدينية والعرقية والسياسية، ومحاسبة المرتكبين لهذه الخروقات أمام قضاء عادل ونزيه”.