ان هناك العديد من التحديات التي واجهت المجالس المحلية في عملها و التي أدت الى ضعف أدائها ونذكر منها ما يلي:
- ضعف القدرة على التنفيذ حيث أن المجالس المحلية كما ذكرنا انبثقت بأغلب الحالات من المجالس الثورية و التي كان اعضائها الأكثر شجاعة لتقديم الخدمات تحت تهديد السلاح و القصف الجوي. ان اختيارهم لم يكن بناء على الخبرة المتوفرة او الكفاءة المطلوبة و بالتالي فإن قدرتهم على ادارة العمل المدني والخدمي كان ضعيفا في كثير من الحالات.
- نقص الخبرة المطلوبة في أداء الخدمات حيث أن المجالس المحلية تشكلت خلال الأزمة الراهنة وأغلب الأشخاص العاملين بها لم يقومو بمثل هذه الأعمال سابقا.
- الافتقار على الهياكل التظيمية الواضحة المسؤوليات و الصلاحيات.
- الافتقار الى آلية اتخاذ قرارات واضحة حيث لم يكن هناك آلية اتخاد قرارات تتبع معايير محددة بل كانت متروكة للشخص المسؤول ان يقرر في كيفية و لمن تقدم الخدمات أو المعونات.
- الافتقار الى معلومات دقيقة يعتمد عليها في تققيم الاحتياجات و بالتالي رسم خطة عمل واضحة. ان المعلومات هي من أكبر التحديات التي تواجه عمل المجالس المحلية حيث لا يوجد ضمن الظروف الراهنة سبل واضحة للتحقق من دقة و صحة المعلومات. ان الحاجة الملحة للمساعدات و للخدمات والتي تسارعت بشكل يومي لم تترك الكثير من المتسع للتحقق من المعلومات و بالتالي اصبحت المعلومات المتوفرة في كثير من الحالات لا يعتمد عليها.